>C50D2.9.1 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive strand; Sequence: 6991 bp
>gene: C50D2.9.1; chr: II; strain: VH7215; allele: hd7179; deletion size: 1609 bp; type: Heterozygous; QC: PPHP; outcrossed: 0
>Deletion size = 1609 bp
>mcat-1 sgRNA #1, Chr II, GGCAAAAGCTTTCCAAAACG; cut=89019; strand=-1; GC=45; 3'GG=no; folding=-2.5
>mcat-1 sgRNA #2, Chr II, TCGAAAACTCGCCGTGCCGC; cut=90623; strand=+1; GC=65; 3'GG=no; folding=-0.9
| Name | Type | Orientation | Position |
|---|---|---|---|
| C50D2.6a.1_Unspliced_UTR | gene | forward | 1..1295 |
| mcat-1-1 SV F | primer_bind | forward | 1412..1433 |
| mcat-1 Upstream Homology Arm | misc_feature | forward | 2089..2488 |
| Left Deletion Flank | misc_structure | forward | 2459..2488 |
| Selection Cassette | variation | forward | 2489..7905 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 2510..2543 |
| Pmyo-2 | regulatory:promoter | forward | 2586..3564 |
| pMYO-2 SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | reverse | 3091..3114 |
| GFP(S65C) | CDS | forward | 3592..3762,3814..3967,4019..4182,4234..4461 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 4598..5332 |
| Prps-27 | regulatory:promoter | forward | 5531..6324 |
| neoR | CDS | forward | 6325..7119 |
| NeoR SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | forward | 6626..6647 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 7120..7818 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 7849..7882 |
| Right Deletion Flank | misc_structure | forward | 7906..7935 |
| mcat-1 Downstream Homology Arm | misc_feature | forward | 7906..8255 |
| mcat-1-1 SV R | primer_bind | reverse | 9024..9045 |
| C50D2.7.1_Unspliced_UTR | gene | reverse | 9449..10799 |
taatgggctccccgtagggcttcataaggcaaaaaggggggggggtgtggttcaaaggcacatacacacaaatgacaataatatttcagaattcttccgatctcttccatgccttgccgagtaagttaccaagtgcatatatcattcacatattacatttcaagttgaaaatgtatagatctcattggtaaatcaattttgatcgacgtcgaagtacgtccaatcgatgcaggtgtccccagctttgacatactttgatgtcgattggactgacttcgacgtcgatcagaatcgatttaacagagtcttgtttaggctaaggggtcaagtgcagcatgaccgaaatttgcttggggcggggggaggggcgtccccataacggccctatttttcccaagcatgaatatttgaatacagatttccatttaaaaaattaatttgaaaaatgtgacgtaataatggtacacatgtaccgactattctgaatcgagttaagtaaactgacaatactttaatataaaaaaagtaatgtagacattttttggtttcctgtagtgtctagttttattagcacgggaatacctgcaccctggctatgcttactttcacgtgaaaaattctaaagttgtcgtacaattagcttcccgctttttttgagcaaagtaagtaagtataccaattgaacgaaaaacgaactgcctaatatcatccaggtctttcagcatttctattttctagacacgaaaagattgccctccaacagtgccgacctcagatcaatgattctctagccgcaagcaatcgattttcggtcacagtactacggaaggagcatcacaacctgagatctcatttcgagatgctctgcaagtaagaaactagccaatccttcaatacaaacttaaatttctctttcagaaaacttggctccatgattgaatgtgtggagcccgtaacacgagcaggctgtggagatcaagcggcaaagatgatgcttcgattcatcactgtcggattttcgagtttcgagcagctctattctcaactgggtatctccgatcaattgcccgcggcttgcaagtcgctgctctcacttcaaaaacgcacggtgctccccgagcgtcgccattatgtcctcccgcaggcttcttcggagtacagtgtcttcagttccacgtcttcgactccgcatattccaataatacttttctcgtatctcatccttttttgaaatctcgcctcatgatttataaataaaacgggtaaactaattatcatgaaacttatattttcaacaattaaaactataataaatacaaacaatgaaaagatcacttcagcaactgaaatgaaaataattcttgtgagcctttttctatgtttgaaaaagcatggcaacgagctaacgtcctgcactgactttgtagaaacggggaaatacttcgttcaaaaactattaaaaagtggcaaaaatggcaaaaaagtggcaaaaaatagcatttttgaaacttctctaaaatggttcattttttagctagaggactcaaaattgatctccaaaccctaaaaaattgccttttttcatggtaatatatggtttcaaacatttttagaaaaattatttttttgcccaaaaaaaaaggacagtcattatgtgatggctgaaaaatcaaaatgggcaaaaataaaaagttgtttatttttgtagggaacgggtaattcatacatgtttaatccaaaaaatctaagtttaacccatcaaaaactattaaaagtggcaaaaaataacatttttgaaacttctctaaaatggttcattttttagctagaggactcaaaattgatctccgaacccttaaaaatggccctttttcaatttaatataatttcaaacatttttagaatttttttgccccccaaaaaaaaggacagatggctgaaaaaagaattgggcaaaaataaaaagttgtttgttgaatgattttagaataaaacgggcactcattatcctgaaatttatattttcaacaattgaaactataataaatataaggctaacataatatataaggctaacataaatataacacaaacaatgaaaaaaatcaatTCAGCAACTGAAATGTGAATAATTCTTGTGAGCCTTTTTCGATGTTTGAAAAAGCATCGCACCGAGCTGACGTCCTGCACCGACTTCGTAGAAGCGGGGGAATGCTTCGTTctgaaattttttaatgtgaaaaatccaaattcttcaccatatttgagtcagcgcgcaagaaaatgtgttttggggcgttgaagttacagtaccacgaaaaatttgaaatttacCTGATGTTTTCTGAACAGCGATTGTTGAATCTGTTCCCATCGAACCGGTGAATTGATTTGTTTGGCGACAGCTCCACGAACGTCTCCCTTCTTCGATGACATCACTTTTCCACTATAATTTGACCAGACATTGCACACCGGACGATGAATCTCCAccgcggcgcatcaggcggcctataacttcgtatagcatacattatacgaagttattacgtagagctcggtacctcgtacgtaatacgactcactagtcattttatatctgagtagtatcctttgctttaaatgtccataaaactaattttataatcaataaaacaacgtttgtaaatcaactgagtttacaagtagagacattgagggatactttcactatgctaaagtgataatcgaccaaataataacttcactttggtatttattcctgtcttataaatgttatgtatgaattaaattcatatgcatatggctcactctgacaatttttaataatcttccagatcaatattgactaccgatgcgggtggtcttttgctttgaattctgctgaactttacaccccgaacagcaatgtgtgcttcagcctaaaaaaaagtaagtgtgttaatcagtgcccccgattcttcattttttgcccctctctcccgtttcgtcggcaaaagaagagaaaataaagataagtctcaagataggttggtaatcgctaaagtggttgtgtggataagagtagcaaaatggcaggaagagcactttgcgcgcacacactgtactcattgttctggataaaattctctcgttgtttgccgtcggatgtctgcctctctgcattgagccggcttcttcactatctttagttaacctaaaatgccgtttcttttctcgtatccccactatcccgttgaggttctctgctctcttcgctccctaccgccagcgagcaactatccgtgggggcgccttgctcggaagatgggggggaagaaagaagatttttgctatttgcacttgagaaagagacttttcctgcgtcgatggttagagaacagtgtgcagacacttttcagctacctagaattacaattggatatccccgcctcccaatccacccacccagggaaaaagaagggctcgccgaaaatcaaagttatctccaggctcgcgcatcccaccgagcggttgacttctctccaccacttttcattttaaccctcgatcgtcagacacagaaatgacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGgtaagtttaaacatatatatactaactaaccctgattatttaaattttcagCCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACACgtaagtttaaacagttcggtactaactaaccatacatatttaaattttcagGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTgtaagtttaaacatgattttactaactaactaatctgatttaaattttcagAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAGcattcgtagaattccaactgagcgccggtcgctaccattaccaacttgtctggtgtcaaaaataataggggccgctgtcatcagagtaagtttaaactgagttctactaactaacgagtaatatttaaattttcagcatctcgcgcccgtgcctctgacttctaagtccaattactcttcaacatccctacatgctctttctccctgtgctcccaccccctatttttgttattatcaaaaaaacttcttcttaatttctttgttttttagcttcttttaagtcacctctaacaatgaaattgtgtagattcaaaaatagaattaattcgtaataaaaagtcgaaaaaaattgtgctccctccccccattaataataattctatcccaaaatctacacaatgttctgtgtacacttcttatgttttttttacttctgataaattttttttgaaacatcatagaaaaaaccgcacacaaaataccttatcatatgttacgtttcagtttatgaccgcaatttttatttcttcgcacgtct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