File: mrpl-40_Deletion.ape

Comments
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CAACAGACGGGAAATGTCATGC

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AAAAATACATAATTTATTTCGACAGCGATTGATACATAATTTCACAAATTTACATGGATTTTTGCCACAAAATTAAAAAAAAAATAAAATAAAGAAAGCACATTTAAAGTTTATTCATTTGCTTCTCCAAATGTTCCATATCCCGCGCATCGGCTGACTTTGTGATTCTATCGAAAATAAGCTTCTGCGTCTCCTCTAACATCTTGAGTTGCTCTTTATTCTGTAAAAAATCGGCTTTTAGGTTGGAAATTTTATTTTTCTAAAAAACGTACGCTTTTCATACTGGTAGCTTGAGATAATCGGCTCTTCATGCTGCTCAGAAACTCGTCAAAGTCCGATTTGGCGGGTTTCTTGTGAATTCCAGAGTTTTTGACTTTTGGAATGGCGTTTTTCGGTTTTTTCGACGCTTTTTCGGTTTTCGATGCACTACAGTTGCTATTTGCTGAAAAAAAATTCGATTTTATTTGAAAAAAAACCTGAATTTTAATAAAAATTTGATAAAAAACTCACAATTGGCAGAAATCCCTGAAGAACTCTGCTCAGCAGCCATCATGGTCTCCTCGTCTTCGAAAATGGTTTCCATAGTGTTTTAGCTGCCAAATCCTTATTAAAACTCAAAAATTGTCAATAAAAACGCGGAAAATTGTCCGAAAATCGATTAGGGACGACGAGAGAGTGTGGGGAAGTGAGAGACGGAGCTTGTGT

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AAACCCGCCAAATTCATCAAACAATTCCCG

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LoxP	misc_recomb	forward	2103..2136
ATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTAT

Pmyo-2	regulatory:promoter	forward	2179..3157
CATTTTATATCTGAGTAGTATCCTTTGCTTTAAATGTCCATAAAACTAATTTTATAATCAATAAAACAACGTTTGTAAATCAACTGAGTTTACAAGTAGAGACATTGAGGGATACTTTCACTATGCTAAAGTGATAATCGACCAAATAATAACTTCACTTTGGTATTTATTCCTGTCTTATAAATGTTATGTATGAATTAAATTCATATGCATATGGCTCACTCTGACAATTTTTAATAATCTTCCAGATCAATATTGACTACCGATGCGGGTGGTCTTTTGCTTTGAATTCTGCTGAACTTTACACCCCGAACAGCAATGTGTGCTTCAGCCTAAAAAAAAGTAAGTGTGTTAATCAGTGCCCCCGATTCTTCATTTTTTGCCCCTCTCTCCCGTTTCGTCGGCAAAAGAAGAGAAAATAAAGATAAGTCTCAAGATAGGTTGGTAATCGCTAAAGTGGTTGTGTGGATAAGAGTAGCAAAATGGCAGGAAGAGCACTTTGCGCGCACACACTGTACTCATTGTTCTGGATAAAATTCTCTCGTTGTTTGCCGTCGGATGTCTGCCTCTCTGCATTGAGCCGGCTTCTTCACTATCTTTAGTTAACCTAAAATGCCGTTTCTTTTCTCGTATCCCCACTATCCCGTTGAGGTTCTCTGCTCTCTTCGCTCCCTACCGCCAGCGAGCAACTATCCGTGGGGGCGCCTTGCTCGGAAGATGGGGGGGAAGAAAGAAGATTTTTGCTATTTGCACTTGAGAAAGAGACTTTTCCTGCGTCGATGGTTAGAGAACAGTGTGCAGACACTTTTCAGCTACCTAGAATTACAATTGGATATCCCCGCCTCCCAATCCACCCACCCAGGGAAAAAGAAGGGCTCGCCGAAAATCAAAGTTATCTCCAGGCTCGCGCATCCCACCGAGCGGTTGACTTCTCTCCACCACTTTTCATTTTAACCCTCGATCGTCAGACACAGAAATG

pMYO-2 SEC Insertion Primer 2	primer_bind	reverse	2684..2707
GCACACACTGTACTCATTGTTCTG

GFP(S65C)	CDS	forward	3185..3355,3407..3560,3612..3775,3827..4054
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGG
CCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACAC
GTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTT
AACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAG

unc-54 3'UTR	3'UTR	forward	4191..4925
CATCTCGCGCCCGTGCCTCTGACTTCTAAGTCCAATTACTCTTCAACATCCCTACATGCTCTTTCTCCCTGTGCTCCCACCCCCTATTTTTGTTATTATCAAAAAAACTTCTTCTTAATTTCTTTGTTTTTTAGCTTCTTTTAAGTCACCTCTAACAATGAAATTGTGTAGATTCAAAAATAGAATTAATTCGTAATAAAAAGTCGAAAAAAATTGTGCTCCCTCCCCCCATTAATAATAATTCTATCCCAAAATCTACACAATGTTCTGTGTACACTTCTTATGTTTTTTTTACTTCTGATAAATTTTTTTTGAAACATCATAGAAAAAACCGCACACAAAATACCTTATCATATGTTACGTTTCAGTTTATGACCGCAATTTTTATTTCTTCGCACGTCTGGGCCTCTCATGACGTCAAATCATGCTCATCGTGAAAAAGTTTTGGAGTATTTTTGGAATTTTTCAATCAAGTGAAAGTTTATGAAATTAATGTCCTTTCTTTTGCTTTTTGGGGGTTTCCCCTATTGTTTGTCAAGAGTTTCGAGGACGGCGTTTTTCTTGCTAAAATCACAAGTATTGATGAGCACGATGCAAGAAAGATCGGAAGAAGGTTTGGGTTTGAGGCTCAGTGGAAGGTGAGTAGAAGTTGATAATTTGAAAGTGGAGTAGTGTCTATGGGGTTTTTGCCTTAAATGACAGAATACATTCCCAATATACCAAACATAACTGTTT

Prps-27	regulatory:promoter	forward	5124..5917
ATTTCTAAATTTTAGTTTAATAAAAAAATTTTAAAATAATACGAGTTTTGAGACTAACTTTCAATAAAAACCAAAAAATTGCTTCAAAAAAGAGCTCGCGCCGATTTACGATAAACACAGCGCGCTACGACACTCCGAAAACCGCGCCGCACCATTACATTCTCCGCCCCACCGCACGGTTTGCGGAAGGCGATGAAATTGCTGGGCCTAAAATTTTAACCCTTTTTTTCCCGTTTTTCAACTGTTTTCCCGATTTTTTCGATATTTTTTTCAGGTTTTTAGTTAGAAAAGTATATAAAAATTGCATTATTTGTAGTTTTCGCTCGTAATTTGTGATAGAAAACGGCCAATTTGCCTAGATTTGTGATTCTACCAAGTGGAATTTTTGGGAAAATATCAATATTCCACGATTTTTATTCAAATCATAACGTTTCGAAATTATCAGCTTAAATAAAACTAAAATAAATAATAAAATACTAAAAACCCTGAATTTCTCGGTTCTCGGTTCAGCTTGAGTTCGTTCTATACACGTTATCGATTTTTGTCATTTCGTTTAATCATGGGTTTTGATTCATTTTAAATATGAAATTTGATTTATTCCTCGTTTCGAAGTTGGTTTGTCTTGTCCGGCCGGTAAACAAATGTTATTAAAAAAAATAATAAATTTCGAAATTTTTCGTAATGTTCCGCAATCGTGTTTTTCCGTTTATCTCGTCTTCCCTTCCTTCAAATATACTATTTATTTTCTCAATTCACATATTTTCAGCCAGCCCTGCTCAACAAGTGGAATAAAA

neoR	CDS	forward	5918..6712
ATGATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCACCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGA

NeoR SEC Insertion Primer 2	primer_bind	forward	6219..6240
ATCTCCTGTCATCTCACCTTGC

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GTCCAATTACTCTTCAACATCCCTACATGCTCTTTCTCCCTGTGCTCCCACCCCCTATTTTTGTTATTATCAAAAAACTTCTCTTAATTTCTTTGTTTTTTAGCTTCTTTTAAGCCACCTCTAACAATGAAATTGTGTAGATTCAAAAATAGAATTAATTCGTAATAAAAAGTCGAAAAAAATTGTGCTCCCTCCCCCCATTAATAATAATTCTATCCCAAAATCTACACAATGTTCTGTGTACACTTCTTATGTTTTTTACTTCTGATAAATTTTTTTGAAACATCATAGAAAAAACCGCACACAAAATACCTTATCATATGTTACGTTTCAGTTTATGACCGCAATTTTTATTTCTTCGCACGTCTGGGCCTCTCATGACGTCAAATCATGCTCATCGTGAAAAAGTTTTGGAGTATTTTTGGAATTTTTCAATCAAGTGAAAGTTTATGAAATTAATTTTCCTGCTTTTGCTTTTTGGGGTTTCCCCTATTGTTTGTCAAGATTTCGAGGACGGCGTTTTTCTTGCTAAAATCACAAGTATTGATGAGCACGATGCAAGAAAGATCGGAAGAAGGTTTGGGTTTGAGGCTCAGTGGAAGGTGAGTAGAAGTTGATAATTTGAAAGTGGAGTAGTGTCTATGGGGTTTTTGCCTTAAATGACAGAATACATTCCCAATATACCAAACATAACTGTTT

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ATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTAT

Right Deletion Flank	misc_structure	forward	7499..7528
CGGCGACTACATTGATACTACGAGAAATTG

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CGGCGACTACATTGATACTACGAGAAATTGGGCATCTTAGAGCCGAAAATTGTTGATTTTTATGTGTTTTATGGGTATTTTTGTTGTAGACAGTGACATAGGATGACGCATTAATAAAGGAATTATCGATTTTTATGGAAAAAACTAAAAATTTCAGTGAAACCGAGCTGGAAAAAATAAATTTGCCACTGCGGGGATCGAACCCAGGCCCTGTGATTGGCGGGCGAGGTCACTAGCCACTAGGCTACACGTGCAAATTTTTGGCAACTGATTATTTGGATACATGAAACTTACTGCAGCGAACTTTTTTGTCGAAGAGTGTTTGCGTACAGTAATCCTTACATTTCATA

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ACATTTCATAAGATTTTATTGATTTTTTCATAAATTGAGCAATTTTTTTTGACAGTTTAACATTTAAAATTAATATATAGACGGAAAATGCGATGGGGCTGGACAAGGAGCAGGCACTTTTGATGTAAAGCTTTGATAAATTGAATTTTAAAAAAATTGTTGAAAACATTAGAAAAGCAAAATCGATAAATCATAATATCATTCTCTCTAAAATCGGAATGATTTGATCAAAGTTTGGCCGACGTCCCGGGTCCTCGTTCATGCAAATGTTCATCAAACGGTTCATATTACGGGCGATTCCAGGGGGAATGTGCACTCGGAGACCTTCCAGAGCGATCTGAAATTAATAAATTTGGATTCAGCGTGAAATTTGGGTCTGGAAACGCTGATTTTGGAGGTGTAAGGGGTACTGTAACCCTAAAAGTACGCAAACACTGAATCTGACGACGACTTGCAGAAAAGCGGTGGAAAATGAGTTTTTTGAGTTTATTGAGGTAGAAAGTGACGGGAAATTCAAATTTTTTGATAAAAATTATATTTGATCAAAATTATACGAAGAAATTCGAATTTTTTGACAAAATTTCAGAAAAAAATTTTGATTTTATCTCAAAATGTCAACAAACTGTGGTTCAATTCGAATTTCTCGCAAAATTTTGAGCGTGGTCAGTCGTTACTAGACGTTTCTATTCCATTTTCAGGGCTTTCGGGGTACTGTAGTCTCGGAAGTACGCAAACACCGAATCTTACGACATTGAGCCCAAACGAGCTAAAAAATGTTGTCACGGCCTGTTTTGAGCTTCTGAGTTTGAATTTAAGAATGAACACTTTTGAAAAAAATAATAGAAAAACAATTTTTTTTGGGCCAAAAAAAAATTTTTTTCCAAAATTTCATCCGAAATTAACTGATAGATTAATTTTAGGATTTTAACATCATTTTTCACACTTTCAGCCCTCCAAAAACCCTCCCTTACCTTCATTCCGCATTCCATTGGCGGTAGATCAGAGAATGGGACCTCACGAGTGTTCAGCTCCCACAACAATATAGCAAATGACCACATATCGGCAGCTCTAATATTCAAGTCTTCTGGAGCCCGTGACAAGGCTTCTGGGCTCATCCAGGCAGGCGAATAGGCTTTTCCGACCTCTTGGAACGAGAATTTCGTATCTGCCATTGAGAGTTTGGCGGTGAGCTCCTCGTCGACTACAACGTGTTTGGAGGAGAGGTAGAACCTGGAAACTGGGCTTTAGGCTTATGATAGCTTAAATTATCTGAAACTCTAAAATTAGTTAAGAAACGTAAAAAAATGGGGGGAAAATTAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTAAGTTTTTTTTCGAGTAGTGCCCCAAAAACTCTTGGATTCCTGAAAACAATTTTTGAAAATTTTTGTTGTAGCTACTTTTCGAAGAACATTATTTCAGGCACATTTTAAGCCAAAAACCGTTTGAAAGTATCAAAAACTAAAAAAGTTATGAACTTTTGAAATTTGGAAAAAAAAATCCAAATTTTTTTAAAAACATAAAATTCAAATTTTCCCGCCAGAAAAATGGGCGGAGCCTATAAAAATTTATACTTTTCTGGGAGCTCTTTTTAAGCTCCATTCAACCACACTAACCTCAAAAGCATAGGGTCCAAACTGTGCAAGTAGCTCATTCCTCTAGCAATGTCCAACGCGAATCTGACGGCTTGCCCGTGATCAATGACGACAGCTGCAATATTTTATTGATTTTATTAAATTATTTCAGCGATTTTTCACAAAT

mrpl-40 SV R	primer_bind	reverse	8117..8138
CGGTTCATATTACGGGCGATTC


formatted sequence

        1 aataattagc agaccaaagt tgggtatgct aaataattag cagaccaaag ttgggtctgc
       61 taaataatta gcagtccaaa gttgggtctg ctaaatattt agcagaccat ttttgggtat
      121 gctaaatata tattctcgtc cattttcatc agttttggct caattttcac gaaaattttt
      181 ctcgaaattt acaaattttc ctcgatttac cgaatccaac ataggactat cgtcattttc
      241 ctcgtcttcc tcatgatcaa taaccacttc ttggccgaca atcatggaat ttccgtctaa
      301 attcatgtcc gagccgccca tcagctgata attggctcca cggcgaacat aatccccaag
      361 ggaagtctct tcgtcaataa ttccgagtcc gtgaaggcga gaagcttctt tatcggttcc
      421 tggaagcaaa aaatcgtttt ttcacagatt ttttaaaaga tttattactt attgccgaat
      481 catccacaca ttccactatc gttttcggac gttttcgacc gccgagaagc tgttttgtgg
      541 tgactcgttg cagtggaacc ggagaatctt cgtatttttt cggtcggccc tggaaaaaat
      601 taaatttttt ttcgtttttc aatcagaatc ttgaaatatc cgccttaccc ttggtttttt
      661 atcatcttcc tgaccttctg gccgtggatg tctgtgtctt ttgtgtgcac tgagacttcg
      721 atcggatttc ccgacgtatt cgcataaatt gcactgaaaa tcgatatttg tcggcacatt
      781 caccacgtcc acatcgtcct gctcatcgtt tttcatcatt ttttagctga aaaataacat
      841 ttttcaattt atttcgttaa tttctttgca tttttccatt taaattcgaa agcgaagacg
      901 agagagcatg caaaaacgag agagcgggag agaaaaagaa aaggataaac aatgttttcg
      961 gcggcattcg gagcgtcgtc agacgcgcgc tgcgagaccc aacagacggg aaatgtcatg
     1021 cgcctttgat tttacaattt atttcggcta tttattgcgg tttttttgca gtttttcgct
     1081 caattttctt ctaaaatttg aataatacat gataaaaaaa aaatacataa tttatttcga
     1141 cagcgattga tacataattt cacaaattta catggatttt tgccacaaaa ttaaaaaaaa
     1201 aataaaataa agaaagcaca tttaaagttt attcatttgc ttctccaaat gttccatatc
     1261 ccgcgcatcg gctgactttg tgattctatc gaaaataagc ttctgcgtct cctctaacat
     1321 cttgagttgc tctttattct gtaaaaaatc ggcttttagg ttggaaattt tatttttcta
     1381 aaaaacgtac gcttttcata ctggtagctt gagataatcg gctcttcatg ctgctcagaa
     1441 actcgtcaaa gtccgatttg gcgggtttct tgtgaattcc agagtttttg acttttggaa
     1501 tggcgttttt cggttttttc gacgcttttt cggttttcga tgcactacag ttgctatttg
     1561 ctgaaaaaaa attcgatttt atttgaaaaa aaacctgaat tttaataaaa atttgataaa
     1621 aaactcacaa ttggcagaaa tccctgaaga actctgctca gcagccatca tggtctcctc
     1681 gtcttcgaaa atggtttcca tagtgtttta gctgccaaat ccttattaaa actcaaaaat
     1741 tgtcaataaa aacgcggaaa attgtccgaa aatcgattag ggacgacgag agagtgtggg
     1801 gaagtgagag acggagcttg tgtagattta cggtgaacaa cgcgtggggg tgggatagcg
     1861 gagtgtcgtt tgggaattta ttttattaaa tttttattgt ttttgttgat ttttaggagg
     1921 tttccttggt tttttcgact attttcttca gaattttgat gattttgatg taaaatcact
     1981 tcaaattcca atttttccag gtaaaATGAG CTCCAGCCTG CTTGCGAGCC TCTCCCGGCT
     2041 CTCCCTACTT CAAACCCGCC AAATTCATCA AACAATTCCC Gccgcggcgc atcaggcggc
     2101 ctataacttc gtatagcata cattatacga agttattacg tagagctcgg tacctcgtac
     2161 gtaatacgac tcactagtca ttttatatct gagtagtatc ctttgcttta aatgtccata
     2221 aaactaattt tataatcaat aaaacaacgt ttgtaaatca actgagttta caagtagaga
     2281 cattgaggga tactttcact atgctaaagt gataatcgac caaataataa cttcactttg
     2341 gtatttattc ctgtcttata aatgttatgt atgaattaaa ttcatatgca tatggctcac
     2401 tctgacaatt tttaataatc ttccagatca atattgacta ccgatgcggg tggtcttttg
     2461 ctttgaattc tgctgaactt tacaccccga acagcaatgt gtgcttcagc ctaaaaaaaa
     2521 gtaagtgtgt taatcagtgc ccccgattct tcattttttg cccctctctc ccgtttcgtc
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