>F54C4.1.1 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive strand; Sequence: 5685 bp
>gene: F54C4.1.1; chr: III; strain: VH7211; allele: hd7198; deletion size: 1473 bp; type: Heterozygous; QC: PPHP; outcrossed: 0
>Deletion size = 1473 bp
>mrpl-40 sgRNA #1, Chr III, CATAAAAACCGAGGAGCCGG; cut=87642; strand=-1; GC=45; 3'GG=yes; folding=-2.0
>mrpl-40 sgRNA #2, Chr III, CGAAACTACGAGGCTCCGGA; cut=89110; strand=+1; GC=60; 3'GG=no; folding=-0.4
| Name | Type | Orientation | Position |
|---|---|---|---|
| mrpl-40 SV F | primer_bind | forward | 1000..1021 |
| F54C4.4_Unspliced_UTR | gene | forward | 1119..1823 |
| mrpl-40 Upstream Homology Arm | misc_feature | forward | 1632..2081 |
| Left Deletion Flank | misc_structure | forward | 2052..2081 |
| Selection Cassette | variation | forward | 2082..7498 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 2103..2136 |
| Pmyo-2 | regulatory:promoter | forward | 2179..3157 |
| pMYO-2 SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | reverse | 2684..2707 |
| GFP(S65C) | CDS | forward | 3185..3355,3407..3560,3612..3775,3827..4054 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 4191..4925 |
| Prps-27 | regulatory:promoter | forward | 5124..5917 |
| neoR | CDS | forward | 5918..6712 |
| NeoR SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | forward | 6219..6240 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 6713..7411 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 7442..7475 |
| Right Deletion Flank | misc_structure | forward | 7499..7528 |
| mrpl-40 Downstream Homology Arm | misc_feature | forward | 7499..7848 |
| pat-4_Unspliced_UTR | gene | forward | 7839..9629 |
| mrpl-40 SV R | primer_bind | reverse | 8117..8138 |
aataattagcagaccaaagttgggtatgctaaataattagcagaccaaagttgggtctgctaaataattagcagtccaaagttgggtctgctaaatatttagcagaccatttttgggtatgctaaatatatattctcgtccattttcatcagttttggctcaattttcacgaaaatttttctcgaaatttacaaattttcctcgatttaccgaatccaacataggactatcgtcattttcctcgtcttcctcatgatcaataaccacttcttggccgacaatcatggaatttccgtctaaattcatgtccgagccgcccatcagctgataattggctccacggcgaacataatccccaagggaagtctcttcgtcaataattccgagtccgtgaaggcgagaagcttctttatcggttcctggaagcaaaaaatcgttttttcacagattttttaaaagatttattacttattgccgaatcatccacacattccactatcgttttcggacgttttcgaccgccgagaagctgttttgtggtgactcgttgcagtggaaccggagaatcttcgtattttttcggtcggccctggaaaaaattaaattttttttcgtttttcaatcagaatcttgaaatatccgccttacccttggttttttatcatcttcctgaccttctggccgtggatgtctgtgtcttttgtgtgcactgagacttcgatcggatttcccgacgtattcgcataaattgcactgaaaatcgatatttgtcggcacattcaccacgtccacatcgtcctgctcatcgtttttcatcattttttagctgaaaaataacatttttcaatttatttcgttaatttctttgcatttttccatttaaattcgaaagcgaagacgagagagcatgcaaaaacgagagagcgggagagaaaaagaaaaggataaacaatgttttcggcggcattcggagcgtcgtcagacgcgcgctgcgagacccaacagacgggaaatgtcatgcgcctttgattttacaatttatttcggctatttattgcggtttttttgcagtttttcgctcaattttcttctaaaatttgaataatacatgataaaaaaaaaatacataatttatttcgacagcgattgatacataatttcacaaatttacatggatttttgccacaaaattaaaaaaaaaataaaataaagaaagcacatttaaagtttattcatttgcttctccaaatgttccatatcccgcgcatcggctgactttgtgattctatcgaaaataagcttctgcgtctcctctaacatcttgagttgctctttattctgtaaaaaatcggcttttaggttggaaattttatttttctaaaaaacgtacgcttttcatactggtagcttgagataatcggctcttcatgctgctcagaaactcgtcaaagtccgatttggcgggtttcttgtgaattccagagtttttgacttttggaatggcgtttttcggttttttcgacgctttttcggttttcgatgcactacagttgctatttgctgaaaaaaaattcgattttatttgaaaaaaaacctgaattttaataaaaatttgataaaaaactcacaattggcagaaatccctgaagaactctgctcagcagccatcatggtctcctcgtcttcgaaaatggtttccatagtgttttagctgccaaatccttattaaaactcaaaaattgtcaataaaaacgcggaaaattgtccgaaaatcgattagggacgacgagagagtgtggggaagtgagagacggagcttgtgtagatttacggtgaacaacgcgtgggggtgggatagcggagtgtcgtttgggaatttattttattaaatttttattgtttttgttgatttttaggaggtttccttggttttttcgactattttcttcagaattttgatgattttgatgtaaaatcacttcaaattccaatttttccaggtaaaATGAGCTCCAGCCTGCTTGCGAGCCTCTCCCGGCTCTCCCTACTTCAAACCCGCCAAATTCATCAAACAATTCCCGccgcggcgcatcaggcggcctataacttcgtatagcatacattatacgaagttattacgtagagctcggtacctcgtacgtaatacgactcactagtcattttatatctgagtagtatcctttgctttaaatgtccataaaactaattttataatcaataaaacaacgtttgtaaatcaactgagtttacaagtagagacattgagggatactttcactatgctaaagtgataatcgaccaaataataacttcactttggtatttattcctgtcttataaatgttatgtatgaattaaattcatatgcatatggctcactctgacaatttttaataatcttccagatcaatattgactaccgatgcgggtggtcttttgctttgaattctgctgaactttacaccccgaacagcaatgtgtgcttcagcctaaaaaaaagtaagtgtgttaatcagtgcccccgattcttcattttttgcccctctctcccgtttcgtcggcaaaagaagagaaaataaagataagtctcaagataggttggtaatcgctaaagtggttgtgtggataagagtagcaaaatggcaggaagagcactttgcgcgcacacactgtactcattgttctggataaaattctctcgttgtttgccgtcggatgtctgcctctctgcattgagccggcttcttcactatctttagttaacctaaaatgccgtttcttttctcgtatccccactatcccgttgaggttctctgctctcttcgctccctaccgccagcgagcaactatccgtgggggcgccttgctcggaagatgggggggaagaaagaagatttttgctatttgcacttgagaaagagacttttcctgcgtcgatggttagagaacagtgtgcagacacttttcagctacctagaattacaattggatatccccgcctcccaatccacccacccagggaaaaagaagggctcgccgaaaatcaaagttatctccaggctcgcgcatcccaccgagcggttgacttctctccaccacttttcattttaaccctcgatcgtcagacacagaaatgacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGgtaagtttaaacatatatatactaactaaccctgattatttaaattttcagCCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACACgtaagtttaaacagttcggtactaactaaccatacatatttaaattttcagGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTgtaagtttaaacatgattttactaactaactaatctgatttaaattttcagAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAGcattcgtagaattccaactgagcgccggtcgctaccattaccaacttgtctggtgtcaaaaataataggggccgctgtcatcagagtaagtttaaactgagttctactaactaacgagtaatatttaaattttcagcatctcgcgcccgtgcctctgacttctaagtccaattactcttcaacatccctacatgctctttctccctgtgctcccaccccctatttttgttattatcaaaaaaacttcttcttaatttctttgttttttagcttcttttaagtcacctctaacaatgaaattgtgtagattcaaaaatagaattaattcgtaataaaaagtcgaaaaaaattgtgctccctccccccattaataataattctatcccaaaatctacacaatgttctgtgtacacttcttatgttttttttacttctgataaattttttttgaaacatcatagaaaaaaccgcacacaaaataccttatcatatgttacgtttcagtttatgaccgcaatttttatttcttcgcacgtctgggcctctcatgacgtcaaatcatgctcatcgtgaaaaagttttggagtatttttggaatttttcaatcaagtgaaagtttatgaaattaatgtcctttcttttgctttttgggggtttcccctattgtttgtcaagagtttcgaggacggcgtttttcttgctaaaatcacaagtattgatgagcacgatgcaagaaagatcggaagaaggtttgggtttgaggctcagtggaaggtgagtagaagttgataatttgaaagtggagtagtgtctatggggtttttgccttaaatgacagaatacattcccaatataccaaacataactgtttagatcttcgaatgcatcgcgcgcaccgtacgtctcgaggaattcctgcaggatatctggatccacgaagcttccc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