>M05D6.6.3 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive strand; Sequence: 5164 bp
>gene: M05D6.6.3; chr: II; strain: VH7209; allele: hd7209; deletion size: 1080 bp; type: Homozygous; QC: PPPP; outcrossed: 0
>Deletion size = 1080 bp
>taap-1 sgRNA #1, Chr II, GCTTCATAAATGCATATTCC; cut=8482835; strand=-1; GC=35; 3'GG=no; folding=-1.1
>taap-1 sgRNA #2, Chr II, TTTAATGATACTTTTAGGCG; cut=8483910; strand=+1; GC=30; 3'GG=no; folding=-0.8
| Name | Type | Orientation | Position |
|---|---|---|---|
| M05D6.5a.1_Unspliced_UTR | gene | reverse | 112..1828 |
| taap-1-1 SV F | primer_bind | forward | 1495..1516 |
| taap-1 Upstream Homology Arm | misc_feature | forward | 2008..2457 |
| Left Deletion Flank | misc_structure | forward | 2428..2457 |
| Selection Cassette | variation | forward | 2458..7874 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 2479..2512 |
| Pmyo-2 | regulatory:promoter | forward | 2555..3533 |
| pMYO-2 SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | reverse | 3060..3083 |
| GFP(S65C) | CDS | forward | 3561..3731,3783..3936,3988..4151,4203..4430 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 4567..5301 |
| Prps-27 | regulatory:promoter | forward | 5500..6293 |
| neoR | CDS | forward | 6294..7088 |
| NeoR SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | forward | 6595..6616 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 7089..7787 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 7818..7851 |
| Right Deletion Flank | misc_structure | forward | 7875..7904 |
| taap-1 Downstream Homology Arm | misc_feature | forward | 7875..8224 |
| taap-1-1 SV R | primer_bind | reverse | 9362..9385 |
atttctgtctgtttacttccagaatctgaattccaaatgaccaatgcaaatccgagaaggaaaattagaaaatgtgtaattgtaaacttttcgagcattgcctctaaaacatgaattttgataaatttattcaaaaaatgagaggtggatgttgagagtgaaaggagcgtacaatataattcagcaacagggaagaattgaaagagatgagacgagggaaaacccgggcttcaaaatatttgaaagcacattttttggaaaactccaaaaaaaaacctcaaatcacggaaggaaagttctagtcggtgatgataagagatgaaagcaaataaaaagagactaatcataagaaaattggaaaagagagaaagtatacaatttattcatttctggtgctcctcatcttcatacgtggcaccgaaaatggtcactccggcgacaagagcggtgacagtgaaaaattgggccataatacggtactgcatcattttttgagctccgactttgtcaccaagaaatgaggatctatagaaaattttgaatttttatgtgtttttttttgataaataaattttagaatttaagattcctctaaaatttcattaaatcttaattgccaaaataagttaacttgatatattttaaatttttaacaacgatacactattattaatcacgtgttcatacattgtttactaaagtatagaacatagacagagatcaaaaagtgttaaaatgagagaaaactggatttggcagaaaaagtggtagactacactctagctaacactgataaggtcacataaatgaaattgattaatacttgtaaatactaataaaaatgtgtatatatatatactaaattagtaattgttctcgaacgtccgagactagtctggtgtcctctatgctccgcccaatttatcggacaggtggtgtctcatctaatctgttctctgtgctcatttgctcaacacagaagatcaaaagttcagacaaattatgcactcaacgagattcacgtgaaaagcacagtaactatatcaaaaaatcacaaaaatatttgacgacccccggtttcaacacgaattcttttaaatacaaacggatgttgttctttaaagagtagttttcagtttttgttacagcggaatttttatcgacttctcatagtttttcgtttcaagtcgtgataaaagccatttgaaaaaatcgatgaaaacttggcaacgacaaaagtttaaaattgcagtactctttaaaggcgcacacccgtttgtattgaacaaaaaatttcgtgtcgagaccgaaaaccgtatttctggggcaaaagtcgcgtaacctcgcgtctgggtaatacaagttttcctaaacatattttcgaaaaggtttaaatttttagtttttcaaacaacgtttaaaactatttatttttaagattttgacacttacttgaacattcccaaaagggcggcagttgtcagtcccattccaagaatgactcctggattgctcgcagcatttgagaccactccagtcttctgtgcaccgcctgtgttctttccgctgtggtatccaatgtcgactggaattgcagggatctgaaaaaaattttttttttaatttgaaacaaaatttaactttatattgttttaaataatattttcaaagaactcactccattgtatttctcggcattatccatagttcttgcgagttgttgtggtgtcatatgttcttttttccattcgtaagatcctttcttcggctcctcgtggactccggcgacgttcatgaaagctgtacggaacatgcccattttgtgtgaagagagtaattaactataataagaaatagaacttacacaaaaataacaaagaaacgcgtaaatagaaaaattagagcaatataaaatgaattaaaaaaaaaaaaacattgagaagactatatgaatgttcggaccgattgaacggattcatcgaaaactaaaataagattaatcaattttcaaacatttatgaaacacataatttacaaaaaaagattttagaaaccgtaacaaacgaggagccaaactagtaaaattgaataagaaattgagcgctaaaatttttaatttttgacacgattttaaccgaattatttaagaaaaagcaagatattctactataactgctcatttctaccaatttgtacaatttgattctggtcaaacaaacaaattcgaaatTTACATCTTGGTAACAACTACTCCTGCATCACGATCACGTGCGATTTTCTGAGCCATTGCTCTTTCAGCGATGTAGAATGTTGAAAAGAAGAAAAGTGAAGCAGTGACAATGAAGACTACTCGCATTCTGTCGTGCATTCTGTTCATTGTTCCATGGctgaaattggaaatatttatcttagacaatttatcggctttttttaatttgaagttttccattaattccaccgcggcgcatcaggcggcctataacttcgtatagcatacattatacgaagttattacgtagagctcggtacctcgtacgtaatacgactcactagtcattttatatctgagtagtatcctttgctttaaatgtccataaaactaattttataatcaataaaacaacgtttgtaaatcaactgagtttacaagtagagacattgagggatactttcactatgctaaagtgataatcgaccaaataataacttcactttggtatttattcctgtcttataaatgttatgtatgaattaaattcatatgcatatggctcactctgacaatttttaataatcttccagatcaatattgactaccgatgcgggtggtcttttgctttgaattctgctgaactttacaccccgaacagcaatgtgtgcttcagcctaaaaaaaagtaagtgtgttaatcagtgcccccgattcttcattttttgcccctctctcccgtttcgtcggcaaaagaagagaaaataaagataagtctcaagataggttggtaatcgctaaagtggttgtgtggataagagtagcaaaatggcaggaagagcactttgcgcgcacacactgtactcattgttctggataaaattctctcgttgtttgccgtcggatgtctgcctctctgcattgagccggcttcttcactatctttagttaacctaaaatgccgtttcttttctcgtatccccactatcccgttgaggttctctgctctcttcgctccctaccgccagcgagcaactatccgtgggggcgccttgctcggaagatgggggggaagaaagaagatttttgctatttgcacttgagaaagagacttttcctgcgtcgatggttagagaacagtgtgcagacacttttcagctacctagaattacaattggatatccccgcctcccaatccacccacccagggaaaaagaagggctcgccgaaaatcaaagttatctccaggctcgcgcatcccaccgagcggttgacttctctccaccacttttcattttaaccctcgatcgtcagacacagaaatgacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGgtaagtttaaacatatatatactaactaaccctgattatttaaattttcagCCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACACgtaagtttaaacagttcggtactaactaaccatacatatttaaattttcagGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTgtaagtttaaacatgattttactaactaactaatctgatttaaattttcagAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAGcattcgtagaattccaactgagcgccggtcgctaccattaccaacttgtctggtgtcaaaaataataggggccgctgtcatcagagtaagtttaaactgagttctactaactaacgagtaatatttaaattttcagcatctcgcgcccgtgcctctgacttctaagtccaattactcttcaacatccctacatgctctttctccctgtgctcccaccccctatttttgttattatcaaaaaaacttcttcttaatttctttgttttttagcttcttttaagtcacctctaacaatgaaattgtgtagattcaaaaatagaattaattcgtaataaaaagtcgaaaaaaattgtgctccctccccccattaataataattctatcccaaaatctacacaatgttctgtgtacacttcttatgttttttttacttctgataaattttttttgaaacatcatagaaaaaaccgcacacaaaataccttatcatatgttacgtttcagtttatgaccgcaatttttatttcttcgcacgtctgggcctctcatgacgtcaaatcatgctcatcg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