>F43C9.2b.1 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive strand; Sequence: 10715 bp
>gene: F43C9.2b.1; chr: X; strain: VH7207; allele: hd7207; deletion size: 6980 bp; type: Homozygous; QC: PPPP; outcrossed: 0
>Deletion size = 6980 bp
>F43C9.2 sgRNA #1, Chr X, CACATTCCAATAATACCTCG; cut=4783447; strand=+1; GC=40; 3'GG=no; folding=-0.0
>F43C9.2 sgRNA #2, Chr X, CATCCAGCTGATGCTTTGGG; cut=4790392; strand=-1; GC=55; 3'GG=yes; folding=-2.9
| Name | Type | Orientation | Position |
|---|---|---|---|
| F43C9.2-1 SV F | primer_bind | forward | 917..938 |
| F43C9.2 Upstream Homology Arm | misc_feature | forward | 1368..1817 |
| Left Deletion Flank | misc_structure | forward | 1788..1817 |
| Selection Cassette | variation | forward | 1818..7234 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 1839..1872 |
| Pmyo-2 | regulatory:promoter | forward | 1915..2893 |
| pMYO-2 SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | reverse | 2420..2443 |
| GFP(S65C) | CDS | forward | 2921..3091,3143..3296,3348..3511,3563..3790 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 3927..4661 |
| Prps-27 | regulatory:promoter | forward | 4860..5653 |
| neoR | CDS | forward | 5654..6448 |
| NeoR SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | forward | 5955..5976 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 6449..7147 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 7178..7211 |
| Right Deletion Flank | misc_structure | forward | 7235..7264 |
| F43C9.2 Downstream Homology Arm | misc_feature | forward | 7235..7684 |
| F43C9.2-1 SV R | primer_bind | reverse | 8358..8377 |
agagatacatgtctccggtctacctgttcgtttaacttttccaatccttgcattcaactctttagtaatttcatcaactttcgtgaaagtttctcgacgttttagagatgttatgaatggtgctgctgacgacgatggaagtgccatggacaatcttttattggagatttcctcaatttcttgtgtcaagtgggaggttgacattgaaagtgctttattgaattttgaaaggttagaattacttcgtggtggaactgaaattagtaaattgttaaataatttatattttactcactgattggttgctcaggatgcggaatcggagtcgctgcacatgaatcatgtgagccggaagagaataacgaggttgaaagtctcgagtcgattgagttatctctgaatttgatacgttatagtgtaattgaaacgcataataacctggataacatcttcttactgcctttttcatcaatatcatcttgttcggcaagtgcagactctaatctggctttcaccatttccaattgttgcgatagctggaaacaaatttcttatatacaattttcttttaagcaatatttacaatttcaatatctgagcgtaatctgttaacatccaccgatttcgcaggatttcttaacatcgtggacgatttgttgtgcggtggaggtggtggtgggtccattggtcggggacgggggagagtggtacttgaccacatttttcaatcgaaaattaaaaaaatactaatgatttattgtaaaaatttagtgatagaatatagtttaaaatgagaattagcagaaattattgttttcaatcaaaaataagcaatatcaataagcaaacacaaagaaaatcaagaccggcgatttgacagcttgtatgacagctctccaagcgccgccaggaattgtccactggacatttaatcgcgggcacagggtggcagggcattgatctgtgaaaacctggaattggaaaaattaattgcaaatgaacaaattactttagaaaatataaattgcaacaataagttccgagcaaggctagatggcacttatatccggcaaatgtactttttaggttacaattatcaaaaattactctaattttgttaatgagtatactagcattaatatccaattgactttttcaaaatatcagatattctcttaatcgcgtttttttcaaaattacaataataaatgccacataataaaaaaaaattttctcacgaaaaagttgaatattcaggtatggttttcaatcagtaattttttgtctgtttttttttcttgttgtaaatgttcaatacgcttatatgactatcggcacatattcaaaattctagatgtttgaaaatgcttgaagcgtataggtagccagatggtagtttcattattcattattcaaaaaaattccatattattcctgctcaaactgatatagcaaattgtttgatttattctcaaatttaaatttagttatccgaataagcatggaagtttgactcaacacagccaaaatttctacaattcaaatgaatgtatattactgtacaacaaacaatttcataataccacaacaatttcaactgataccaggtctatccactgaccacaaaacatgttcttctaatgctgggcaaaaacttcttgaaagtttcgaaatgagagctacttacccaaactcaactacatcatcgctcaatcatttcttactctgccgttgtttttgtcttttttagtctctcagccaattcttctgggtattacccgttggattttgttttgcaacataccgaaactagagtaccgcggcgcatcaggcggcctataacttcgtatagcatacattatacgaagttattacgtagagctcggtacctcgtacgtaatacgactcactagtcattttatatctgagtagtatcctttgctttaaatgtccataaaactaattttataatcaataaaacaacgtttgtaaatcaactgagtttacaagtagagacattgagggatactttcactatgctaaagtgataatcgaccaaataataacttcactttggtatttattcctgtcttataaatgttatgtatgaattaaattcatatgcatatggctcactctgacaatttttaataatcttccagatcaatattgactaccgatgcgggtggtcttttgctttgaattctgctgaactttacaccccgaacagcaatgtgtgcttcagcctaaaaaaaagtaagtgtgttaatcagtgcccccgattcttcattttttgcccctctctcccgtttcgtcggcaaaagaagagaaaataaagataagtctcaagataggttggtaatcgctaaagtggttgtgtggataagagtagcaaaatggcaggaagagcactttgcgcgcacacactgtactcattgttctggataaaattctctcgttgtttgccgtcggatgtctgcctctctgcattgagccggcttcttcactatctttagttaacctaaaatgccgtttcttttctcgtatccccactatcccgttgaggttctctgctctcttcgctccctaccgccagcgagcaactatccgtgggggcgccttgctcggaagatgggggggaagaaagaagatttttgctatttgcacttgagaaagagacttttcctgcgtcgatggttagagaacagtgtgcagacacttttcagctacctagaattacaattggatatccccgcctcccaatccacccacccagggaaaaagaagggctcgccgaaaatcaaagttatctccaggctcgcgcatcccaccgagcggttgacttctctccaccacttttcattttaaccctcgatcgtcagacacagaaatgacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGgtaagtttaaacatatatatactaactaaccctgattatttaaattttcagCCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACACgtaagtttaaacagttcggtactaactaaccatacatatttaaattttcagGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTgtaagtttaaacatgattttactaactaactaatctgatttaaattttcagAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAGcattcgtagaattccaactgagcgccggtcgctaccattaccaacttgtctggtgtcaaaaataataggggccgctgtcatcagagtaagtttaaactgagttctactaactaacgagtaatatttaaattttcagcatctcgcgcccgtgcctctgacttctaagtccaattactcttcaacatccctacatgctctttctccctgtgctcccaccccctatttttgttattatcaaaaaaacttcttcttaatttctttgttttttagcttcttttaagtcacctctaacaatgaaattgtgtagattcaaaaatagaattaattcgtaataaaaagtcgaaaaaaattgtgctccctccccccattaataataattctatcccaaaatctacacaatgttctgtgtacacttcttatgttttttttacttctgataaattttttttgaaacatcatagaaaaaaccgcacacaaaataccttatcatatgttacgtttcagtttatgaccgcaatttttatttcttcgcacgtctgggcctctcatgacgtcaaatcatgctcatcgtgaaaaagttttggagtatttttggaatttttcaatcaagtgaaagtttatgaaattaatgtcctttcttttgctttttgggggtttcccctattgtttgtcaagagtttcgaggacggcgtttttcttgctaaaatcacaagtattgatgagcacgatgcaagaaagatcggaagaaggtttgggtttgaggctcagtggaaggtgagtagaagttgataatttgaaagtggagtagtgtctatggggtttttgccttaaatgacagaatacattcccaatataccaaacataactgtttagatcttcgaatgcatcgcgcgcaccgtacgtctcgaggaattcctgcaggatatctggatccacgaagcttcccatggtgacgtcaccggttctagatacctaggtgagctctggtaccctctagtcaaggccttaagtgagtcgtattacggactggccgtcgttttacaggccggatgggccatggcaccttaacatttctaaattttagtttaataaaaaaattttaaaataatacgagttttgagactaactttcaataaaaaccaaaaaattgcttcaaaaaagagctcgcgccgatttacgataaacacagcgcgctacgacactccgaaaa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