File: rnst-2_Deletion.ape

Comments
>K10C9.3.1 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive strand; Sequence: 10314 bp
>gene: K10C9.3.1; chr: V; strain: VH7194; allele: hd7194; deletion size: 4597 bp; type: Homozygous; QC: PPPP; outcrossed: 0
>Deletion size = 4597 bp
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>rnst-2 sgRNA #2, Chr V, AGCGTACCTTCTTATCCCGG; cut=1065254; strand=-1; GC=55; 3'GG=yes; folding=-0.0



Features
rnst-2 SV F	primer_bind	forward	251..272
GTAAGCTGACATGCCTTATGCC

rnst-2 Upstream Homology Arm	misc_feature	forward	631..1080
GTGTTTATTTCCTGCTTTTTAATGATGGGTGAAAAGTGGCTCAGGTTTTTTGACGGAAAATTTCACATCAACTTTTGAAATTTCTACATTACATTTGATCATTTTAGTTTGATATTAGCCGCTATTCTTGGTGGCCGAACTTTTTCGCAATTTCTAGGCCACGCTGAGTCGCTATCAAACTTTCTGTTTTCAGGTCACACTATCTCTGTTTGTTATCATTTATTGTTTTTTCTTTACCTACTTTCTTGATAAGATATATGTATCATTCTTTTTTGCGTTTCTTCTGCGAGGTCAAATATGTTCTGTTTTCCTAATAAATTAGTTTTCAAACCAAAAACCATCCTATGTAGTTGCACTTAATTAAAAATTATCTGGTCTTAAATCTGAATGGTCTCAACAATAAATCATGTGGCAGCTGTTAGCACCTGTCACTTGACACTCCTTTGTCCA

Left Deletion Flank	misc_structure	forward	1051..1080
AGCACCTGTCACTTGACACTCCTTTGTCCA

Selection Cassette	variation	forward	1081..6497
CCGCGGCGCATCAGGCGGCCTATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTATTACGTAGAGCTCGGTACCTCGTACGTAATACGACTCACTAGTCATTTTATATCTGAGTAGTATCCTTTGCTTTAAATGTCCATAAAACTAATTTTATAATCAATAAAACAACGTTTGTAAATCAACTGAGTTTACAAGTAGAGACATTGAGGGATACTTTCACTATGCTAAAGTGATAATCGACCAAATAATAACTTCACTTTGGTATTTATTCCTGTCTTATAAATGTTATGTATGAATTAAATTCATATGCATATGGCTCACTCTGACAATTTTTAATAATCTTCCAGATCAATATTGACTACCGATGCGGGTGGTCTTTTGCTTTGAATTCTGCTGAACTTTACACCCCGAACAGCAATGTGTGCTTCAGCCTAAAAAAAAGTAAGTGTGTTAATCAGTGCCCCCGATTCTTCATTTTTTGCCCCTCTCTCCCGTTTCGTCGGCAAAAGAAGAGAAAATAAAGATAAGTCTCAAGATAGGTTGGTAATCGCTAAAGTGGTTGTGTGGATAAGAGTAGCAAAATGGCAGGAAGAGCACTTTGCGCGCACACACTGTACTCATTGTTCTGGATAAAATTCTCTCGTTGTTTGCCGTCGGATGTCTGCCTCTCTGCATTGAGCCGGCTTCTTCACTATCTTTAGTTAACCTAAAATGCCGTTTCTTTTCTCGTATCCCCACTATCCCGTTGAGGTTCTCTGCTCTCTTCGCTCCCTACCGCCAGCGAGCAACTATCCGTGGGGGCGCCTTGCTCGGAAGATGGGGGGGAAGAAAGAAGATTTTTGCTATTTGCACTTGAGAAAGAGACTTTTCCTGCGTCGATGGTTAGAGAACAGTGTGCAGACACTTTTCAGCTACCTAGAATTACAATTGGATATCCCCGCCTCCCAATCCACCCACCCAGGGAAAAAGAAGGGCTCGCCGAAAATCAAAGTTATCTCCAGGCTCGCGCATCCCACCGAGCGGTTGACTTCTCTCCACCACTTTTCATTTTAACCCTCGATCGTCAGACACAGAAATGACAAGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTTAATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGGTAAGTTTAAACATATATATACTAACTAACCCTGATTATTTAAATTTTCAGCCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACACGTAAGTTTAAACAGTTCGGTACTAACTAACCATACATATTTAAATTTTCAGGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTGTAAGTTTAAACATGATTTTACTAACTAACTAATCTGATTTAAATTTTCAGAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAGCATTCGTAGAATTCCAACTGAGCGCCGGTCGCTACCATTACCAACTTGTCTGGTGTCAAAAATAATAGGGGCCGCTGTCATCAGAGTAAGTTTAAACTGAGTTCTACTAACTAACGAGTAATATTTAAATTTTCAGCATCTCGCGCCCGTGCCTCTGACTTCTAAGTCCAATTACTCTTCAACATCCCTACATGCTCTTTCTCCCTGTGCTCCCACCCCCTATTTTTGTTATTATCAAAAAAACTTCTTCTTAATTTCTTTGTTTTTTAGCTTCTTTTAAGTCACCTCTAACAATGAAATTGTGTAGATTCAAAAATAGAATTAATTCGTAATAAAAAGTCGAAAAAAATTGTGCTCCCTCCCCCCATTAATAATAATTCTATCCCAAAATCTACACAATGTTCTGTGTACACTTCTTATGTTTTTTTTACTTCTGATAAATTTTTTTTGAAACATCATAGAAAAAACCGCACACAAAATACCTTATCATATGTTACGTTTCAGTTTATGACCGCAATTTTTATTTCTTCGCACGTCTGGGCCTCTCATGACGTCAAATCATGCTCATCGTGAAAAAGTTTTGGAGTATTTTTGGAATTTTTCAATCAAGTGAAAGTTTATGAAATTAATGTCCTTTCTTTTGCTTTTTGGGGGTTTCCCCTATTGTTTGTCAAGAGTTTCGAGGACGGCGTTTTTCTTGCTAAAATCACAAGTATTGATGAGCACGATGCAAGAAAGATCGGAAGAAGGTTTGGGTTTGAGGCTCAGTGGAAGGTGAGTAGAAGTTGATAATTTGAAAGTGGAGTAGTGTCTATGGGGTTTTTGCCTTAAATGACAGAATACATTCCCAATATACCAAACATAACTGTTTAGATCTTCGAATGCATCGCGCGCACCGTACGTCTCGAGGAATTCCTGCAGGATATCTGGATCCACGAAGCTTCCCATGGTGACGTCACCGGTTCTAGATACCTAGGTGAGCTCTGGTACCCTCTAGTCAAGGCCTTAAGTGAGTCGTATTACGGACTGGCCGTCGTTTTACAGGCCGGATGGGCCATGGCACCTTAACATTTCTAAATTTTAGTTTAATAAAAAAATTTTAAAATAATACGAGTTTTGAGACTAACTTTCAATAAAAACCAAAAAATTGCTTCAAAAAAGAGCTCGCGCCGATTTACGATAAACACAGCGCGCTACGACACTCCGAAAACCGCGCCGCACCATTACATTCTCCGCCCCACCGCACGGTTTGCGGAAGGCGATGAAATTGCTGGGCCTAAAATTTTAACCCTTTTTTTCCCGTTTTTCAACTGTTTTCCCGATTTTTTCGATATTTTTTTCAGGTTTTTAGTTAGAAAAGTATATAAAAATTGCATTATTTGTAGTTTTCGCTCGTAATTTGTGATAGAAAACGGCCAATTTGCCTAGATTTGTGATTCTACCAAGTGGAATTTTTGGGAAAATATCAATATTCCACGATTTTTATTCAAATCATAACGTTTCGAAATTATCAGCTTAAATAAAACTAAAATAAATAATAAAATACTAAAAACCCTGAATTTCTCGGTTCTCGGTTCAGCTTGAGTTCGTTCTATACACGTTATCGATTTTTGTCATTTCGTTTAATCATGGGTTTTGATTCATTTTAAATATGAAATTTGATTTATTCCTCGTTTCGAAGTTGGTTTGTCTTGTCCGGCCGGTAAACAAATGTTATTAAAAAAAATAATAAATTTCGAAATTTTTCGTAATGTTCCGCAATCGTGTTTTTCCGTTTATCTCGTCTTCCCTTCCTTCAAATATACTATTTATTTTCTCAATTCACATATTTTCAGCCAGCCCTGCTCAACAAGTGGAATAAAAATGATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCACCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGAGTCCAATTACTCTTCAACATCCCTACATGCTCTTTCTCCCTGTGCTCCCACCCCCTATTTTTGTTATTATCAAAAAACTTCTCTTAATTTCTTTGTTTTTTAGCTTCTTTTAAGCCACCTCTAACAATGAAATTGTGTAGATTCAAAAATAGAATTAATTCGTAATAAAAAGTCGAAAAAAATTGTGCTCCCTCCCCCCATTAATAATAATTCTATCCCAAAATCTACACAATGTTCTGTGTACACTTCTTATGTTTTTTACTTCTGATAAATTTTTTTGAAACATCATAGAAAAAACCGCACACAAAATACCTTATCATATGTTACGTTTCAGTTTATGACCGCAATTTTTATTTCTTCGCACGTCTG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LoxP	misc_recomb	forward	1102..1135
ATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTAT

Pmyo-2	regulatory:promoter	forward	1178..2156
CATTTTATATCTGAGTAGTATCCTTTGCTTTAAATGTCCATAAAACTAATTTTATAATCAATAAAACAACGTTTGTAAATCAACTGAGTTTACAAGTAGAGACATTGAGGGATACTTTCACTATGCTAAAGTGATAATCGACCAAATAATAACTTCACTTTGGTATTTATTCCTGTCTTATAAATGTTATGTATGAATTAAATTCATATGCATATGGCTCACTCTGACAATTTTTAATAATCTTCCAGATCAATATTGACTACCGATGCGGGTGGTCTTTTGCTTTGAATTCTGCTGAACTTTACACCCCGAACAGCAATGTGTGCTTCAGCCTAAAAAAAAGTAAGTGTGTTAATCAGTGCCCCCGATTCTTCATTTTTTGCCCCTCTCTCCCGTTTCGTCGGCAAAAGAAGAGAAAATAAAGATAAGTCTCAAGATAGGTTGGTAATCGCTAAAGTGGTTGTGTGGATAAGAGTAGCAAAATGGCAGGAAGAGCACTTTGCGCGCACACACTGTACTCATTGTTCTGGATAAAATTCTCTCGTTGTTTGCCGTCGGATGTCTGCCTCTCTGCATTGAGCCGGCTTCTTCACTATCTTTAGTTAACCTAAAATGCCGTTTCTTTTCTCGTATCCCCACTATCCCGTTGAGGTTCTCTGCTCTCTTCGCTCCCTACCGCCAGCGAGCAACTATCCGTGGGGGCGCCTTGCTCGGAAGATGGGGGGGAAGAAAGAAGATTTTTGCTATTTGCACTTGAGAAAGAGACTTTTCCTGCGTCGATGGTTAGAGAACAGTGTGCAGACACTTTTCAGCTACCTAGAATTACAATTGGATATCCCCGCCTCCCAATCCACCCACCCAGGGAAAAAGAAGGGCTCGCCGAAAATCAAAGTTATCTCCAGGCTCGCGCATCCCACCGAGCGGTTGACTTCTCTCCACCACTTTTCATTTTAACCCTCGATCGTCAGACACAGAAATG

pMYO-2 SEC Insertion Primer 2	primer_bind	reverse	1683..1706
GCACACACTGTACTCATTGTTCTG

GFP(S65C)	CDS	forward	2184..2354,2406..2559,2611..2774,2826..3053
ATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGG
CCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACAC
GTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTT
AACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAG

unc-54 3'UTR	3'UTR	forward	3190..3924
CATCTCGCGCCCGTGCCTCTGACTTCTAAGTCCAATTACTCTTCAACATCCCTACATGCTCTTTCTCCCTGTGCTCCCACCCCCTATTTTTGTTATTATCAAAAAAACTTCTTCTTAATTTCTTTGTTTTTTAGCTTCTTTTAAGTCACCTCTAACAATGAAATTGTGTAGATTCAAAAATAGAATTAATTCGTAATAAAAAGTCGAAAAAAATTGTGCTCCCTCCCCCCATTAATAATAATTCTATCCCAAAATCTACACAATGTTCTGTGTACACTTCTTATGTTTTTTTTACTTCTGATAAATTTTTTTTGAAACATCATAGAAAAAACCGCACACAAAATACCTTATCATATGTTACGTTTCAGTTTATGACCGCAATTTTTATTTCTTCGCACGTCTGGGCCTCTCATGACGTCAAATCATGCTCATCGTGAAAAAGTTTTGGAGTATTTTTGGAATTTTTCAATCAAGTGAAAGTTTATGAAATTAATGTCCTTTCTTTTGCTTTTTGGGGGTTTCCCCTATTGTTTGTCAAGAGTTTCGAGGACGGCGTTTTTCTTGCTAAAATCACAAGTATTGATGAGCACGATGCAAGAAAGATCGGAAGAAGGTTTGGGTTTGAGGCTCAGTGGAAGGTGAGTAGAAGTTGATAATTTGAAAGTGGAGTAGTGTCTATGGGGTTTTTGCCTTAAATGACAGAATACATTCCCAATATACCAAACATAACTGTTT

Prps-27	regulatory:promoter	forward	4123..4916
ATTTCTAAATTTTAGTTTAATAAAAAAATTTTAAAATAATACGAGTTTTGAGACTAACTTTCAATAAAAACCAAAAAATTGCTTCAAAAAAGAGCTCGCGCCGATTTACGATAAACACAGCGCGCTACGACACTCCGAAAACCGCGCCGCACCATTACATTCTCCGCCCCACCGCACGGTTTGCGGAAGGCGATGAAATTGCTGGGCCTAAAATTTTAACCCTTTTTTTCCCGTTTTTCAACTGTTTTCCCGATTTTTTCGATATTTTTTTCAGGTTTTTAGTTAGAAAAGTATATAAAAATTGCATTATTTGTAGTTTTCGCTCGTAATTTGTGATAGAAAACGGCCAATTTGCCTAGATTTGTGATTCTACCAAGTGGAATTTTTGGGAAAATATCAATATTCCACGATTTTTATTCAAATCATAACGTTTCGAAATTATCAGCTTAAATAAAACTAAAATAAATAATAAAATACTAAAAACCCTGAATTTCTCGGTTCTCGGTTCAGCTTGAGTTCGTTCTATACACGTTATCGATTTTTGTCATTTCGTTTAATCATGGGTTTTGATTCATTTTAAATATGAAATTTGATTTATTCCTCGTTTCGAAGTTGGTTTGTCTTGTCCGGCCGGTAAACAAATGTTATTAAAAAAAATAATAAATTTCGAAATTTTTCGTAATGTTCCGCAATCGTGTTTTTCCGTTTATCTCGTCTTCCCTTCCTTCAAATATACTATTTATTTTCTCAATTCACATATTTTCAGCCAGCCCTGCTCAACAAGTGGAATAAAA

neoR	CDS	forward	4917..5711
ATGATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCACCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGA

NeoR SEC Insertion Primer 2	primer_bind	forward	5218..5239
ATCTCCTGTCATCTCACCTTGC

unc-54 3'UTR	3'UTR	forward	5712..6410
GTCCAATTACTCTTCAACATCCCTACATGCTCTTTCTCCCTGTGCTCCCACCCCCTATTTTTGTTATTATCAAAAAACTTCTCTTAATTTCTTTGTTTTTTAGCTTCTTTTAAGCCACCTCTAACAATGAAATTGTGTAGATTCAAAAATAGAATTAATTCGTAATAAAAAGTCGAAAAAAATTGTGCTCCCTCCCCCCATTAATAATAATTCTATCCCAAAATCTACACAATGTTCTGTGTACACTTCTTATGTTTTTTACTTCTGATAAATTTTTTTGAAACATCATAGAAAAAACCGCACACAAAATACCTTATCATATGTTACGTTTCAGTTTATGACCGCAATTTTTATTTCTTCGCACGTCTGGGCCTCTCATGACGTCAAATCATGCTCATCGTGAAAAAGTTTTGGAGTATTTTTGGAATTTTTCAATCAAGTGAAAGTTTATGAAATTAATTTTCCTGCTTTTGCTTTTTGGGGTTTCCCCTATTGTTTGTCAAGATTTCGAGGACGGCGTTTTTCTTGCTAAAATCACAAGTATTGATGAGCACGATGCAAGAAAGATCGGAAGAAGGTTTGGGTTTGAGGCTCAGTGGAAGGTGAGTAGAAGTTGATAATTTGAAAGTGGAGTAGTGTCTATGGGGTTTTTGCCTTAAATGACAGAATACATTCCCAATATACCAAACATAACTGTTT

LoxP	misc_recomb	forward	6441..6474
ATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTAT

rnst-2 Downstream Homology Arm	misc_feature	forward	6498..6947
TTTAAGCCTCAAAATTGTCATGCTAAAAAATTAAATTTCAGACCAAACAGTTCCTTCTCGGTGACATTCGCTTGTGTCTCAACAAGGACTTGACAATCCGAGACTGTCCGACTGATGGAAAACATCCGAATCGAGTCAGCAGATTCGAGAGATCAATTGGCAGAAATAGACGCGGGCCACCACTTCCAAGCTTCCAGGTTGGTTACGATTTAAAATTTTGTTTGACCTTTTCCAAAATTCCGAATCCTTCATTTTTTGTTGGAATTTTGCAATTTAATAAATTGCCGATTCAAGATTTTTCGGCAATTGACAGTTTTCAAAACTCTCAGACCAAATTTTTCTCGAGATACTTTCGGATTTTTTATTCGAATTTTTCCACTGTCAAAACAAAAAATTCGGAACTTTTACATGGTGCCTAGAAATATTTATTGAACACAAGTATGCAGCGGA

Right Deletion Flank	misc_structure	forward	6498..6527
TTTAAGCCTCAAAATTGTCATGCTAAAAAA

K10C9.7_Unspliced_UTR	gene	reverse	6908..8794
GGTGCCTAGAAATATTTATTGAACACAAGTATGCAGCGGAGTTCCCAAATCCGAATCATCATAGTATGGGGTAGATGTCTCATTGTAGAGAGTTGTGACAGATTGAGATTGGGTAGTATTCGAGTAGGCCGGATCATATGACATTTTGGAGAAGTTGTCCTCGGTACCAAGCTTCAACGACGACTTTTTCATGTCGGACCACTGGGGGACCTGCAAAATTGCATGTTGAACTAGGCAGTTGTCGGCTGCTGGAATTATGCATTCGCATACTTTGAAACGTTCCTTCTGTGGTAGGCTGGCCGGCCTGAAACCCACCTGCTTCTCGCCTTTTTTCTGCATTTTATGAAAATCTTTAGCAGAAGGCGAGGCAGGCAGGCATCTCGTCGCCTGCGTCCCTAGTAAAAAATAGAATTGAACTCACCGGTGTCAATTTCCCAACTCTCGGAGCAGTCAAATCGTTGAATTCGCTTCCGTGTGGAGACCAATCCGAGCCGGAAGTGATCGGCCAAGAGAACGAACTGATTATATTGAGCTGGGGACGGGACACCGGATCAGTTTTAGCCTTCGAAGATGGATCCTGCGGAGATGCGATTGCATAGATTTCCTGAAATTGTCAATTAGAGCGCTGTTGCATAGTCGGAACTTACCGGGTTGTTAGCAATGAAATTGAGAGTTTCACGTGCTTTGGCACGCTGCCCCGGAGTCACTTTATTGGGGAAAGTGGTCTCGAGAAGCTTTCGTTTTTCCTCGAATGTCATTTCTTTTGTCGGAACTTTGACCTCCTTCTCTTTTCTGAAAGAAAGTTTTTAACATTTTTGAACTTTCCAGCAATCTGTGCTAAGTGGGTTTACGGTAGTCATTGCATAGGAAGTGCGATTTTTAAATGGAATTCTGGATGTTTCAGAAAATTCCAGAAAATTCACGGGGTTCTGGCCTTCTTCACTGAATTTTTCGCGCTCCATTGACAAGGCCGGACAGCGCGTGGGAAAGTCGTGTACTCCACCCGGACAAATACACTTAGTTTGCAACTGAAATCGAGTCGCGACGCGACACGCAACGCGTCGTAAATCTACCCTAGATATGGCCGAGCCAAAATGGCCTAGTTTGGCAAACTCTTAAATTTCAATTTATGAGGGAAGCCAGAAATCCGTGAATATTTCAGAATTTTAAATGAAGTTTCCAGAAAGTTCCAGAATTTTCTCAAGTTTCCCACGTTTCTAGAACTTATTCCAAATTGCTATTTACGCGGGCTTCTGGCTTTCCTCAAATTTTTAAATGTAAGAGTTCGCCGAATTAGACCATTATCGCTCTGCCACATCTGGGGTCGATTTACAATGCGTTGCGTGCCGCGTTGCGTGTCGCGTGTCGCCTTGCGTTTCGTGGCTCGGTTTTCATTGTAAATCTATAGGTATTTGTCCGTGTGGCGTACACGACTTTCCCACACTTTGTCCGGCAGGCAATTTTTTGTCAATAGAGCGCGAAAAATGCATTGAGGAAGGCCAGAAGCTCGTGGTTTCTCGAAAAAGGTTAACCAAAAAGCTTCAAGAATGGAATTATAGGAATTCTCTAGAAACTTGTATTTCCCTTTTTCAGTCATGCAAATGCACAGAGCCAGACAACCGTAACCGTCAGAACTCCAAAAATGGAAACTCACGGCTTTGGTTTTCCAACCGTTGCTCCGTAGACTCCAAAAATCTCGCCAAACATTTTCGAGTGCTTCTGCATTTCCTTCAAACGTTGCACTTCTTCAGATGATTTTCCCGCTGAAAAAAATTAAATTTAAAATAAAATCCAAAAATTTCAAAGTTTCTTACCGGAAAGTTTGCGAAGCTCATCGATAGTATTTTGAATCGACTTCATTTTTCTTTCGTTGAGAAGAGTAGTTTT

rnst-2 SV R	primer_bind	reverse	7675..7696
CGGAACTTTGACCTCCTTCTCT


formatted sequence

        1 ttttcaaacc tttgtaaatc aaagtggcct gaacatttta ctctagttct aattttctga
       61 aatgctgcta ctttgtattt gttgacaatt ttaaattacc tcgtttaaat atcagtcgtt
      121 tcattacagc aacaagtttt aaaaaacttg taaaaatgtt tgattttgtg ctttttgtga
      181 ttacactttg gggggtatca tattaactta acgtcgtaat aatttttgtt tttatgttaa
      241 gatttacaaa gtaagctgac atgccttatg cctaaatatc tacgtttttt ttaaataacg
      301 aagcagacat gcttttttct atatctctaa aaattacttt tgcgccaaat taaaaatgta
      361 attatgcacg gttgaactta tctaaaaact gtatttcctc tattagactt gcacccttac
      421 gagtcaatca aaaattagtc ttgcatgcaa aagtaataga ggcaatacgg ttgtttaatg
      481 ttgtacaatt atcttaaata actacctaat tcaaattatt tcatttaaag ttttgataag
      541 ttagggggtt tcaagtaact tcaatcactt ctgcagagga aaatgtttga aaacaataat
      601 ttaaaacaag ttcaaaattt gaaaatatca gtgtttattt cctgcttttt aatgatgggt
      661 gaaaagtggc tcaggttttt tgacggaaaa tttcacatca acttttgaaa tttctacatt
      721 acatttgatc attttagttt gatattagcc gctattcttg gtggccgaac tttttcgcaa
      781 tttctaggcc acgctgagtc gctatcaaac tttctgtttt caggtcacac tatctctgtt
      841 tgttatcatt tattgttttt tctttaccta ctttcttgat aagatatatg tatcattctt
      901 ttttgcgttt cttctgcgag gtcaaatatg ttctgttttc ctaataaatt agttttcaaa
      961 ccaaaaacca tcctatgtag ttgcacttaa ttaaaaatta tctggtctta aatctgaatg
     1021 gtctcaacaa taaatcatgt ggcagctgtt agcacctgtc acttgacact cctttgtcca
     1081 ccgcggcgca tcaggcggcc tataacttcg tatagcatac attatacgaa gttattacgt
     1141 agagctcggt acctcgtacg taatacgact cactagtcat tttatatctg agtagtatcc
     1201 tttgctttaa atgtccataa aactaatttt ataatcaata aaacaacgtt tgtaaatcaa
     1261 ctgagtttac aagtagagac attgagggat actttcacta tgctaaagtg ataatcgacc
     1321 aaataataac ttcactttgg tatttattcc tgtcttataa atgttatgta tgaattaaat
     1381 tcatatgcat atggctcact ctgacaattt ttaataatct tccagatcaa tattgactac
     1441 cgatgcgggt ggtcttttgc tttgaattct gctgaacttt acaccccgaa cagcaatgtg
     1501 tgcttcagcc taaaaaaaag taagtgtgtt aatcagtgcc cccgattctt cattttttgc
     1561 ccctctctcc cgtttcgtcg gcaaaagaag agaaaataaa gataagtctc aagataggtt
     1621 ggtaatcgct aaagtggttg tgtggataag agtagcaaaa tggcaggaag agcactttgc
     1681 gcgcacacac tgtactcatt gttctggata aaattctctc gttgtttgcc gtcggatgtc
     1741 tgcctctctg cattgagccg gcttcttcac tatctttagt taacctaaaa tgccgtttct
     1801 tttctcgtat ccccactatc ccgttgaggt tctctgctct cttcgctccc taccgccagc
     1861 gagcaactat ccgtgggggc gccttgctcg gaagatgggg gggaagaaag aagatttttg
     1921 ctatttgcac ttgagaaaga gacttttcct gcgtcgatgg ttagagaaca gtgtgcagac
     1981 acttttcagc tacctagaat tacaattgga tatccccgcc tcccaatcca cccacccagg
     2041 gaaaaagaag ggctcgccga aaatcaaagt tatctccagg ctcgcgcatc ccaccgagcg
     2101 gttgacttct ctccaccact tttcatttta accctcgatc gtcagacaca gaaatgacaa
     2161 gtttgtacaa aaaagcaggc ttaATGAGTA AAGGAGAAGA ACTTTTCACT GGAGTTGTCC
     2221 CAATTCTTGT TGAATTAGAT GGTGATGTTA ATGGGCACAA ATTTTCTGTC AGTGGAGAGG
     2281 GTGAAGGTGA TGCAACATAC GGAAAACTTA CCCTTAAATT TATTTGCACT ACTGGAAAAC
     2341 TACCTGTTCC ATGGgtaagt ttaaacatat atatactaac taaccctgat tatttaaatt
     2401 ttcagCCAAC ACTTGTCACT ACTTTCTGTT ATGGTGTTCA ATGCTTCTCG AGATACCCAG
     2461 ATCATATGAA ACGGCATGAC TTTTTCAAGA GTGCCATGCC CGAAGGTTAT GTACAGGAAA
     2521 GAACTATATT TTTCAAAGAT GACGGGAACT ACAAGACACg taagtttaaa cagttcggta
     2581 ctaactaacc atacatattt aaattttcag GTGCTGAAGT CAAGTTTGAA GGTGATACCC
     2641 TTGTTAATAG AATCGAGTTA AAAGGTATTG ATTTTAAAGA AGATGGAAAC ATTCTTGGAC
     2701 ACAAATTGGA ATACAACTAT AACTCACACA ATGTATACAT CATGGCAGAC AAACAAAAGA
     2761 ATGGAATCAA AGTTgtaagt ttaaacatga ttttactaac taactaatct gatttaaatt
     2821 ttcagAACTT CAAAATTAGA CACAACATTG AAGATGGAAG CGTTCAACTA GCAGACCATT
     2881 ATCAACAAAA TACTCCAATT GGCGATGGCC CTGTCCTTTT ACCAGACAAC CATTACCTGT
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     3001 AGTTTGTAAC AGCTGCTGGG ATTACACATG GCATGGATGA ACTATACAAA TAGcattcgt
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