File: ZK632.4_Wildtype.ape

Comments

>ZK632.4.1 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive strand; Sequence: 5940 bp
>Deletion size = 1382 bp
>ZK632.4 sgRNA #1, Chr III, TCACTACTATTTACTCCACG; cut=9806006; strand=-1; GC=40; 3'GG=no; folding=-0.0
>ZK632.4 sgRNA #2, Chr III, GGAAGTCTTGCATTAGATGG; cut=9807368; strand=-1; GC=45; 3'GG=yes; folding=-2.2

Features

Name Type Orientation Position
riok-3_Unspliced_UTR gene reverse 1..1497
ZK632.4 SV F primer_bind forward 937..958
ZK632.4 Upstream Homology Arm misc_feature forward 2040..2489
Left Deletion Flank misc_structure forward 2460..2489
ZK632.4 sgRNA #1 protein_bind reverse 2490..2509
ZK632.4 WT F primer_bind forward 2955..2976
ZK632.4 sgRNA #2 protein_bind reverse 3852..3871
ZK632.4 Downstream Homology Arm misc_feature forward 3872..4321
Right Deletion Flank misc_structure forward 3872..3901
ZK632.4 SV R primer_bind reverse 4920..4941
gtap-2_Unspliced_UTR gene forward 5030..5940

Sequence

gcgtcagtgaaaaattcccattccacgtttttgagtcttggtgcggcaagaccttgatctccgagaaatgacatgacaagaacattgcgacgaactttgacaggttgtggacacggaagtccatgtttcgccattcggctcaagttcataaactctctttctgcccaaatcttgagaacaccacgcggatttttgaagcggaaatcgtcttttacgtactctgagcgatttttgaactcggacagtgtggttttgtatactttgatggcatagctggtcgccgagtcttgagcagcgtgaagaaccgccgattcttttccagttgcgataattccatcgacagaatcaaatactccttgattgatccatttaaggagaagaagacgtgtgtcactgtcaacagaagtatccattgttgctttctcttctttatccttatttctcatttgacgcttcgattcactttttccaaatgccatcagtttgttgaaaactttattgttgagcttgtcgccgaccatatcgcctgttggaagggtgttccgatcctaaaacgaataatctctcatgagaattagatacaagtatacactacggggcacgtagaaaatgcacattttgaaatcgagatgcaatcgtgctccacgattaagcgaaaagttccgcccctaagcggcaaattaaaacattttccaggaattcttcgttttttttcagctgtttttcgtttaaatttatggtttcaccaccactacctaacgagacccaacgtttaggggcggagcatgactgtggagcgcggtacatttttctgcgtttcaataacacgtacattgaaagttttatcagcattacgacgcccactgacaccagtatcatgctttgttcgtgaagtactgggaccttctggtcgaagacgagaattcgttgcattttcctcatcaagcttcgcatagagcatatcagttgcagcctgtctcaaagcatcatcatcttcattctcagaatctgtttcctgcattgtttttggatgataacggtcaggtgtgaagtgaaccgaactcgaagatccaacagcacgagcaacatctgcttctcggtcaaaatggcgttgaagagcaagtgcaacttcttcatcagtcattccttcagtatttatggggagttgatcatcagaaactgaagtatcaccgaacatttgatcgagttgctggaatttaatattatttaaaagtttttttaaatttatataccttcatgtatctctcttcttccaatttttcttgaacactcagatcctcaataaattcttcgctcaggacatccgcaaaactgactatcggttcttcagcagtttcctaaaattggaatttgcttaaaacatttaaatttctcaaaaccaacctcatttttgccccacgcgttcttcttccacggattattctcacaattcgccattgtctggcttgaaagcttggagaaaacggcaaactatctactgaaacgaaattaaatcaaaaaatggcaattgtattgttgaataattgaaaatttgtccagttgtggaatgtttcgcaatgcaatcaatatttgtcctgtcagagggacgagggtgtagtttgaacggccatggccatatggtctgctaaatgtttagcagaccatagctatttagcagacccaagcatggtatgctaaatatttagcagaccatagctatttagcagacccaagtatggtatgctaattatttatgttagggacgtgaaggacacaataatttagcagaaccaatacaaaacctttttttgttgataattgttcaattttagcattttttcaatataaaatacaggattttacaataaacctccgaaaattattgaatagaacattatttgaaattttaacgaccggccaggcagcgctaatcgtaagaaagaaggaagtaatgtaaacaatgaataaaaatcctcaaataattattaagaattgaaaaataaggaataaaaatttattatgaacaaccctagataatgaaaaacagtgactagcacttttgtatgtaattgaaattccaaaattccaatttttagctgaaataacgtggaagctatagcatggcaagtttaatttttaaatacaatcattgcgtaaaactgtggtgaattatataaagacataaaaagatttctgaaTTAATCAATAATCAGACGCTTATTTGAAAGACTTTCGAGGGCTCTTGGTGATGGTGTGAACGCTCGGAATGCAAGAAAATCATCAGAAATATTAATCTTGGGACGTTCAGCGTCATGTGTAGCTCCAATGAAAACGACTTCTCCTCGATTCAATACTTGTGATGCATCTCCCAATGTAACTGTTGCAGTACCATAGAGAACCGTCAAGACAGAACATGATTCGGAGTAAGGAAGTTGGTAGATCGATCCAGCGGGTCCTTTGACTTCCTGCACCCAGAACTCATCAATTCCACGTGGAGTAAATAGTAGTGATCCATCGTCCAGTTCATTTGGAATATATTTTGGAAGCAGGGTCTCATCATAATTCAACATTTCAACCAATGATTCTACATCAATATATTTTGGTGTTAATCCAGCTCGAATAGTATTGTCACTGTCTGCCATACACTCAACACAATCTCCTTTCAAATAAGCATGTGGCATGTTTGGTTCTAAAAATGTTGCCTCTCCAGGTTGTAATTTGAAGTAGTTCAAGAAAATTGGAGCAAATACACCAACATCTCCAGGGTACAATGTGAAAAGGTAGACAATTATTTCATCAAGAGCCGTTTTGTTTTctgaaatttagtaattaaaaagaagatattcattcaaaaatatcgcttacCATGTCCTTGAATTCGTCTGGCAAGTTTATCAACAACTATTTGAAGTTTTTCCTTTGGAGTTCGCCAAATTCTTGAGAAGATCTTTTTGAGAACCTGTGCAGAACTCTCTCCATAAGATCCTAAACTGTCGATTTGACTTTTCTCTTCTTCGGTGAGCAATTCTTGAATTTCAGAGTACActgaaaaaaagcaaattttaatgcttataatctaattgtgataattacATTTCAGATATTCACTAATTTGTGAATGTTGCCGAAATCCGGAAAGAAGCTCGAATTCAGTCAGAGCAATTGCGATCTCTGGTTTGTGGTTGTCATCTGGATAGTTCTTCGGATCTGTAGCATGAAGAAGTTTTCCTTGTTCTTTTGTTGGATGAATTTGGATTGAGAGTGGTCCAAGAACGGAAAGCACTTTGAAGAGGAATGAAAGGTTGCctgaaagaaataattaatatttattgacaaggtcatgttgttctttaaggaattgaaatgtatcaattggcttgaaatttatgtcattcggaagctgacatcgaattggatattcctttttgctgatctcttaacttccaaattacataagtttcaagccagttagaccattcccaagccagaacagtaaagaatatttattttattcacCTTTTTCATGTTTTCCCTGTAACTCTGGCGATGTAGCCAAAAGTTGTTTAAGAGCGATGTCTTTTTCGATGACGTGGGCCGGCCCGTTAGCGTGAGTTCCCACCCAGAActgtaataataaagatgatgaaagagaacgtgtttcgggagtgatgtaggccgatctgatcaggtgatcgacgacacaatcttcgaaagtcacgacataaggtcagaaaccacggtaagacgccacaaatagattgagaatcgctttaattagaacggaaatagatacatgtttcattactcacTTCAGCGTATGGTTTGTCTTTGTCAAGATTTGGAATATGACCACCATCTAATGCAAGACTTCCAGCCATGCTAGAATTTCCTTTGGGTCCCCATGCGTAGTTATTGACAGTGCACTTTAGCTTCAGAAGCATctgaaaacatgaattatggaagaaatgttttgagagaacagattatgttcgaaatatgagttagggagaaaataaaagatataatgcatcaaaatgacggtaaacgactgatctctctagttttctctgatcaacgcatgcgctaaaatcgacacgtgactaaatataatcagtcataagttgaccataagacaagagaaaaagacttccgaactggaagacacggaatacatatatatgaccgagaggctcggagacgcagattgaaaacgctgagatcagaactataaaacgagtgcgaccgtcgacttttttcatatcttgagtgggtatgcgtgtgagattgcgtcaacgtgactgcctaaactaattgtagagaaaggtcgtaaattttcagacaaatcaaatgattgtcggagacagatttatgggtgggatcataagagagagatagatcgtattctcggtgattatttacacgatgaacgcacgcaacatggcgacgacaacatgcggcaaaactgagaaattccttgatcgctgattttgaagcaggttaatgccggaagtggtttttaaatacaaaaatcgggacatttcttagccaatgaaggtcacaaaagatcgaacaacaaagtgtaaattaatgaaaaattatttcagagaatcagaatagaactttgatgaaagtttatttatttttgaaagcaacaagttttttcacaaaaaatggtttttacaggctctatggaaacaatggaaaaaatgttccgtagaagtgcatgttctaatattcaatagtcgagaactatgagtaaagatgtaaattttataaatttaaattcaaacaatacaaaatttacagtagcataaaatatttttaaaaaactttatataaatggcaactaatactctaaaaacttagtcataatggtggattcatttctactgagactgatgttccataaagtgtgatgcaggcgtgctctactaaactcctcctaatgtttttttgttgttttttcaattgccactgtttttttttctaatttcaataaa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