>R05D3.2a.1 unspliced + UTR + 2000 upstream + 2000 downstream; +ive
strand; Sequence: 6951 bp
>gene: lmbr-1; chr: III; strain: VH7188; allele: hd7180; deletion
size: 1876 bp; type: Heterozygous; QC: PPHP; outcrossed: 0
>Deletion size = 1876 bp
>lmbr-1 sgRNA #1, Chr III, GGCCCAATACGCCCTGGAGG; cut=8372289;
strand=+1; GC=70; 3'GG=yes; folding=-3.2
>lmbr-1 sgRNA #2, Chr III, GACATGCTCTCTAATCATGG; cut=8374145;
strand=+1; GC=45; 3'GG=yes; folding=-1.6
| Name | Type | Orientation | Position |
|---|---|---|---|
| lmbr-1-1 SV F | primer_bind | forward | 1051..1072 |
| lmbr-1 Upstream Homology Arm | misc_feature | forward | 1553..2002 |
| Left Deletion Flank | misc_structure | forward | 1973..2002 |
| Selection Cassette | variation | forward | 2003..7419 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 2024..2057 |
| Pmyo-2 | regulatory:promoter | forward | 2100..3078 |
| pMYO-2 SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | reverse | 2605..2628 |
| GFP(S65C) | CDS | forward | 3106..3276,3328..3481,3533..3696,3748..3975 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 4112..4846 |
| Prps-27 | regulatory:promoter | forward | 5045..5838 |
| neoR | CDS | forward | 5839..6633 |
| NeoR SEC Insertion Primer 2 | primer_bind | forward | 6140..6161 |
| unc-54 3'UTR | 3'UTR | forward | 6634..7332 |
| LoxP | misc_recomb | forward | 7363..7396 |
| lmbr-1 Downstream Homology Arm | misc_feature | forward | 7420..7869 |
| Right Deletion Flank | misc_structure | forward | 7420..7449 |
| lmbr-1-1 SV R | primer_bind | reverse | 8010..8031 |
| met-2_Unspliced_UTR | gene | forward | 8572..10492 |
aaatctttgtgtaacattgaatacagtttttttttaatttttgtatttaataataaatgcaaatcactttcaaattcaaactcgcgcccccactctcctctcggtctctccattcgacgtgctctctagctgcataggtctcaccacgcagcctttgtgaactcctctcggagtacttaaattttttttagtttattaattttaacagttatttctttcgttttcttgggggttccaatgttataaagcacaaaaactattataatagatttattaaatttagaaaattgctaaagcgtgatttttaacagaaacactgttttccttgcgtgcagaagtgatattggcttcctataggcctttaagactttagggtttaagactgtctatacaggtgtaaaacataagttttagttattgctatgcgaataatttcgatttttctaaagttgtgaaatgaaccatcttatggtttcgaaaaaaaaacaatgttgacattgttttctgttctcttgaattgacatcatttttaacgcaaaaataattaaataccataaattagagctcaactgatcaataatacaacctttcagcacgtgagagtgcgtgtttcctcctcctccaaccagccatctcgattcgaatcgacacgctctttgtctttctatgtctcttatttcctcatgctctctcggttttcttcttcgacgcgttcaaattgtaagagtggttgcaccactgagcgtccgtgcatggttctgatccatttttatgtttttattttgttttttttttttcgaattttcacgtgaaaaaaccagtttctgtttccttttcagtgtctcttatctaatcttgattacccatttcacatttcgcctcactctcttttcacgcagcctttacactttgaacccttctttttatgtcgttgtttttctttgcaatcactaaaatcacacaggagttggaaatttttacttgcgaaatttaagtcaacgtcgacctattatctttattgacacatatatttttctcgcgtttcggatgctttttgtggcgaaagaaaccgtaaattagtcaaaggaagacaaaaagaattcctccttgtttcaattcactatctcgctctttaccacctgtatagctaatcaatttcgaatttttcatatgaaaatgcatgtttttttcaaaactgtttttagcaattattttagaatttccaaaacctccaataatttcgattcaatgctttgataagttaaccgcttttataaatgctctttacacgttgagttcttgaagttttttcttttcacttgacgaatttacgaggtcatgttgtaacattgtccccgccgaaatgaaatagaaaacgcactcaaaaaacactctgacctcataaccaattttctattggccgctatctattttcaaattgtaaaaaaaagatttaccgaaattcgactccacaacaaagagcttctccaccgggacgaaatacgacaatttccggcaacctgttttcaatatgtcacatgtgtttgtgtctttctaactaactttcaaacaccgatatcttttttctaagtttctaaccgaaccgatgagaacaatctgggagatttttgagacttcccagttctattcggttatccactcgtaggttccaacaattgaactttgtccttttcaattatatctgttaaatttcatccctatcaatgataacatagtgaccctttataaggtcttcgtgcttctactgtgaatgttttgataaggtgatacgatttatctcttccttcgcataccaaatttttttaaaaacgaactgtgcctctgtgacaaggaacatgtgtgcatgaatataataaaacgccttcactttcttcttttaatttctggtatacccaatttctcattgtgccttcaatttcttatttggcaagaattatgaaaaatttctctattgctttttacagatttaataacaccaaATccgcggcgcatcaggcggcctataacttcgtatagcatacattatacgaagttattacgtagagctcggtacctcgtacgtaatacgactcactagtcattttatatctgagtagtatcctttgctttaaatgtccataaaactaattttataatcaataaaacaacgtttgtaaatcaactgagtttacaagtagagacattgagggatactttcactatgctaaagtgataatcgaccaaataataacttcactttggtatttattcctgtcttataaatgttatgtatgaattaaattcatatgcatatggctcactctgacaatttttaataatcttccagatcaatattgactaccgatgcgggtggtcttttgctttgaattctgctgaactttacaccccgaacagcaatgtgtgcttcagcctaaaaaaaagtaagtgtgttaatcagtgcccccgattcttcattttttgcccctctctcccgtttcgtcggcaaaagaagagaaaataaagataagtctcaagataggttggtaatcgctaaagtggttgtgtggataagagtagcaaaatggcaggaagagcactttgcgcgcacacactgtactcattgttctggataaaattctctcgttgtttgccgtcggatgtctgcctctctgcattgagccggcttcttcactatctttagttaacctaaaatgccgtttcttttctcgtatccccactatcccgttgaggttctctgctctcttcgctccctaccgccagcgagcaactatccgtgggggcgccttgctcggaagatgggggggaagaaagaagatttttgctatttgcacttgagaaagagacttttcctgcgtcgatggttagagaacagtgtgcagacacttttcagctacctagaattacaattggatatccccgcctcccaatccacccacccagggaaaaagaagggctcgccgaaaatcaaagttatctccaggctcgcgcatcccaccgagcggttgacttctctccaccacttttcattttaaccctcgatcgtcagacacagaaatgacaagtttgtacaaaaaagcaggcttaATGAGTAAAGGAGAAGAACTTTTCACTGGAGTTGTCCCAATTCTTGTTGAATTAGATGGTGATGTTAATGGGCACAAATTTTCTGTCAGTGGAGAGGGTGAAGGTGATGCAACATACGGAAAACTTACCCTTAAATTTATTTGCACTACTGGAAAACTACCTGTTCCATGGgtaagtttaaacatatatatactaactaaccctgattatttaaattttcagCCAACACTTGTCACTACTTTCTGTTATGGTGTTCAATGCTTCTCGAGATACCCAGATCATATGAAACGGCATGACTTTTTCAAGAGTGCCATGCCCGAAGGTTATGTACAGGAAAGAACTATATTTTTCAAAGATGACGGGAACTACAAGACACgtaagtttaaacagttcggtactaactaaccatacatatttaaattttcagGTGCTGAAGTCAAGTTTGAAGGTGATACCCTTGTTAATAGAATCGAGTTAAAAGGTATTGATTTTAAAGAAGATGGAAACATTCTTGGACACAAATTGGAATACAACTATAACTCACACAATGTATACATCATGGCAGACAAACAAAAGAATGGAATCAAAGTTgtaagtttaaacatgattttactaactaactaatctgatttaaattttcagAACTTCAAAATTAGACACAACATTGAAGATGGAAGCGTTCAACTAGCAGACCATTATCAACAAAATACTCCAATTGGCGATGGCCCTGTCCTTTTACCAGACAACCATTACCTGTCCACACAATCTGCCCTTTCGAAAGATCCCAACGAAAAGAGAGACCACATGGTCCTTCTTGAGTTTGTAACAGCTGCTGGGATTACACATGGCATGGATGAACTATACAAATAGcattcgtagaattccaactgagcgccggtcgctaccattaccaacttgtctggtgtcaaaaataataggggccgctgtcatcagagtaagtttaaactgagttctactaactaacgagtaatatttaaattttcagcatctcgcgcccgtgcctctgacttctaagtccaattactcttcaacatccctacatgctctttctccctgtgctcccaccccctatttttgttattatcaaaaaaacttcttcttaatttctttgttttttagcttcttttaagtcacctctaacaatgaaattgtgtagattcaaaaatagaattaattcgtaataaaaagtcgaaaaaaattgtgctccctccccccattaataataattctatcccaaaatctacacaatgttctgtgtacacttcttatgttttttttacttctgataaattttttttgaaacatcatagaaaaaaccgcacacaaaataccttatcatatgttacgtttcagtttatgaccgcaatttttatttcttcgcacgtctgggcctctcatgacgtcaaatcatgctcatcgtgaaaaagttttggagtatttttggaatttttcaatcaagtgaaagtttatgaaattaatgtcctttcttttgctttttgggggtttcccctattgtttgtcaagagtttcgaggacggcgtttttcttgctaaaatcacaagtattgatgagcacgatgcaagaaagatcggaagaaggtttgggtttgaggctcagtggaaggtgagtagaagttgataatttgaaagtggagtagtgtctatggggtttttgccttaaatgacagaatacattcccaatataccaaacataactgtttagatcttcgaatgcatcgcgcgcaccgtacgtctcgaggaattcctgcaggatatctggatccacgaagcttcccatggtgacgtcaccggttctagatacctaggtgagctctggtaccctctagtcaaggccttaagtgagtcgtattacgg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